Johannes Duns Scotus wird um 1265/66 in Duns (Schottland) geboren und tritt früh in das Franziskanerkloster in Newcastle ein, wo er 1291 zum Priester geweiht wird. Er studiert Theologie und Philosophie in Oxford, Cambridge und Paris, wo 1305 promoviert. Wegen seiner scharfsinnigen Kritik, die ihn auch in Konflikt mit König Philipp IV bringt, wird ihm der Ehrenname „doctor subtilis“ zuteil.
Um 1300 ensteht das Hauptwerk Ordinatio, das von ihm selbst nicht zur Veröffentlichung vorbereitet wird und infolgedessen zahlreiche Kommentierungen und Ergänzungen fremder Hand erfährt. Nur einige Teile sind als authentischer Text Duns Scotus rekonstruierbar (Über die Erkennbarkeit Gottes).
In der Aristotelesauslegung Quaestiones super libros Metaphysicorum Aristotelis zeigt sich der eigenständige Metaphysik-Entwurf, mit dem sich Johannes Duns Scotus von Thomas von Aquin abhebt. Er vollzieht einen ersten Schritt zur Trennung von Philosophie und Theologie, indem er Wahrheiten der Philosophie nicht als zwangsläufig gültig in der Theologie annimmt.
Johannes Duns Scotus stirbt 1308 in Köln vermutlich an der Pest.