Bonaventura wird als Giovanni di Fidanza um 1221 in der Toskana geboren und erhält seinen Rufnamen auf Grund einer Franz von Assisi zugeschriebenen Wunderheilung, die er als Kind erfährt. Um 1238 beginnt er seine Studien in Paris, tritt 1243 dem Franziskanerorden bei und übernimmt wenige Jahre später Lehraufgaben an der dortigen Ordensschule.
Nach frühen exegetischen Arbeiten entsteht um 1253 das Breviloquium, das als Summe seiner Theologie gesehen werden kann. In enger Anlehnung an Augustinus übernimmt Bonaventura dessen Lehre von der Erleuchtung des menschlichen Geistes durch das Göttliche. Das Pilgerbuch der Seele zu Gott (um 1269) soll eine Anleitung zur Erhebung der Seele bis zur Gottesvereinigung geben und trägt ihm den Titel „Fürst aller Mystiker ein“. Die späten philosophisch-theologischen Texte Bonaventuras Vom Wissen Christi zeigen die Eigenständigkeit seines Denkens und erklären den erheblichen Einfluß, den der „Doctor Seraphicus“ des Franziskanerordens neben seinem Freund Thomas von Aquin auf die Philosophie des Mittelalters ausübt.
Seine machtvolle Position innerhalb der Kirche wird durch die Autorisierung seiner Franziskusbiographie zur alleingültigen sowie seine Ernennung zum Kardinal 1273 manifestiert.
Bonaventura stirbt 1274 während der Teilnahme am Konzil von Lyon.